機械学習の勉強会のためにPyData環境の構築を行う (2017年1月）

前提条件

Python機械学習プログラミング(インプレス) を題材に内輪で勉強会を行う事になりました。
Python 3.6 もリリースされたこともあるので、改めて環境構築方法をまとめます。

ここで行う環境構築は、以下のとおりです。

• VirtualBox + Vagrant
• Ubuntu 16.04 LTS
• Python 3.6
• PyData関連(NumPy/Pandas/scikit-learn(sklearn))

以下は導入済みとします。

• VirtualBox (5.0.30)
• Vagrant (1.9.1)

$ VirtualBox --help
Oracle VM VirtualBox Manager 5.0.30

$ vagrant version
Installed Version: 1.9.1
Latest Version: 1.9.1

VirtualBox + Vagrant

Vagrant用のフォルダを準備。今回は、機械学習の勉強をするので、 ~/vagrant/ml-study というフォルダを準備して環境等を整える。

$ mkdir ~/vagrant/ml-study

Vagrant Box の追加

$ vagrant box add ubuntu/xenial64 https://atlas.hashicorp.com/ubuntu/boxes/xenial64/versions/20170104.0.0/providers/virtualbox.box

Vagrant 起動

$ vagrant init ubuntu/xenial64
$ vagrant up

Vagrant設定 (Vagrantfileを編集)
最下部の config.vm.provision を有効にして以下のように記述する

...
  config.vm.provision "shell", inline: <<-SHELL
    apt-get update
    sudo apt-get install -y build-essential libssl-dev libxml2-dev libxslt1-dev libbz2-dev zlib1g-dev python-setuptools python-dev libjpeg62-dev libreadline-gplv2-dev
    sudo apt-get install -y libblas-dev liblas-dev liblapack-dev gfortran libfreetype6-dev
  SHELL
...

設定の反映

$ vagrant provision

OSの関連パッケージ

Vagrantfile に必要なパッケージを記述したので、vagrant側でインストール済みとなる。

Python 3.6

$ mkdir ~/tmp
$ sudo mkdir /opt/python36
$ sudo chown ubuntu /opt/python36

$ cd tmp
$ wget https://www.python.org/ftp/python/3.6.0/Python-3.6.0.tgz
$ tar zxvf Python-3.6.0.tgz
$ cd Python-3.6.0/
$ ./configure --prefix=/opt/python36
$ make && make install

$ cd ~
$ /opt/python36/bin/python3 -m venv python
$ source python/bin/activate

Pythonの関連モジュール

$ pip install numpy scipy pandas scikit-learn matplotlib
$ pip install ipython[notebook]
$ pip install seaborn
$ pip install pyprind

設定後に使う時

$ cd ~/vagrant/ml-study
$ vagrant up
$ vagrant ssh

$ cd ~
$ source python/bin/activate
$ jupyter notebook

停止時

$ vagrant halt

jupyter notebook の設定

(2017年1月8日追記)

ホストマシンからブラウザで直接Jupyter notebookにアクセスしようとすると、IP制限で拒否されてしまう。以下の設定を行うことで、IP制限を解除できる。

$ source python/bin/activate
$ jupyter notebook --generate-config

~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

c.NotebookApp.ip = '*'