ImageJでマルチポイント周辺の画像を保存したい

プラグイン名

Collect_Multi_Images

仕様

• ImageJで開いた画像スタックの各フレームにマルチポイントを追加すると、マルチポイント周辺の画像（入力で指定された大きさ）を指定されたパスのディレクトリに保存する。

入力

• ディレクトリパス
• 画像サイズ

出力

• TIF画像ファイル

コード

Collect_Multi_Images.java

import ij.*;
import ij.process.*;
import ij.gui.*;
import java.awt.*;
import ij.plugin.*;
import ij.plugin.frame.*;


public class Collect_Multi_Images implements PlugIn {

	public void run(String arg) {

        GenericDialog gd = new GenericDialog("Input");
        gd.addDirectoryField("Output Directory: ", arg);
        gd.addNumericField("Size: ", 9);
        gd.showDialog();
        String dir = gd.getNextString();
        int size = (int)gd.getNextNumber();

        ImagePlus imp = IJ.getImage();
        Roi roi = imp.getRoi();
        FloatPolygon p = roi.getFloatPolygon();
        PointRoi pointRoi = (PointRoi)roi;
        for (int i = 0; i < p.npoints; i++) {
            int position = 0;
            position = pointRoi.getPointPosition(i);
            int xc = (int)Math.round(p.xpoints[i]);
            int yc = (int)Math.round(p.ypoints[i]);

            imp.setSlice(position);

            int x0 = xc - (int)(size / 2);
            int y0 = yc - (int)(size / 2);

            Roi rectangleRoi = new Roi(x0, y0, size, size);
            Roi[] rois = {rectangleRoi};
            imp.cropAndSave(rois, dir, "tif");
        }
	}
}

ポイント

Dialogの表示方法と値の取得方法

下記のように記述する。GenericDialogクラスの仕様はこちら。

GenericDialog gd = new GenericDialog("Input");
gd.addDirectoryField("Output directory", arg);
gd.showDialog();
gd.getNextString();

Multi-pointで選択した地点のスライス番号（position）とX, Y座標（x, y）の取得方法

下記のように記述する。

ImagePlus imp = IJ.getImage();
Roi roi = imp.getRoi();
FloatPolygon p = roi.getFloatPolygon();
PointRoi pointRoi = (PointRoi)roi;
for (int i = 0; i < p.npoints; i++) {
    int position = 0;
    position = pointRoi.getPointPosition(i);
    int x = (int)Math.round(p.xpoints[i]);
    int y = (int)Math.round(p.ypoints[i]);
    IJ.log("Position, X, Y: " + position + ", " + x + ", " + y);
}

ROIの画像を保存する方法

Roi rectangleRoi = new Roi(x0, y0, size, size);
Roi[] rois = {rectangleRoi};
imp.cropAndSave(rois, dir, "tif");