napariで選択したポイントの座標を取得して表示する

目的

napariで開いた画像中にPointを手動で置き、キーボードで「i」を入力したら、そのPointの座標をコンソールに表示したい。

コード

get_selected_coordinate.py

import glob
import napari
import numpy as np

from skimage import io


dir_name = "./data"
file_names = glob.glob(dir_name + "/*.tif")
stack = np.array([io.imread(file_name) for file_name in file_names])

viewer = napari.view_image(stack)
points_layer = viewer.add_points(ndim=3)

@viewer.bind_key('i')
def print_coordinates(viewer):
    for point in points_layer.data:
        print(f"frame, x, y: {point[0]}, {point[2]}, {point[1]}")

napari.run()

出力

画像内でPointを指定して「i」を押すと、、

コンソールに座標が表示される

ポイント

ポイントレイヤーの作成

ndim=3を指定することで、frame番号も取得することができる。

points_layer = viewer.add_points(ndim=3)

関数のキーへのバインド

GUIで「i」を押すと、print_coordinates関数を実行してくれる。

@viewer.bind_key('i')
def print_coordinates(viewer):
    pass

座標の取得

全てのPointの座標をnumpy arrayで返してくれる。

points_layer.data