やってみた
CentOSのブログで紹介されていたので、vagrant-sshfsを入れてみました。
CentOSさん的にはVirtualBoxの共有フォルダよりも、NFSやsshfsを推奨しているようです。
サイトではsftp-serverコマンドが要件となっていますが、Git for Windows 付属の Git Bash からであれば、/usr/lib/sshにパスを通しておくだけでOKでした。（標準で同梱されていたみたいです）
MSYS2の方は、pacmanでopenssh入れて同様にパスを通せばOKではないかと思います。
Cygwinの方はサイトの記載通り、openssh入れるだけでOKぽいです。
感想
VirtualBox Guest Additionsで共有していたころは、 clang-tidy -fixが上書きに失敗する（VirtualBox#4890）ので困っていたのですが、sshfsでの共有にしたらうまくいくようになりました。
今のところパフォーマンスの違いはあまり感じません。
積み残し
- VirtualBox Guest Additions との性能比較
- IssueやPR（MSYS2等でsftp-serverが入っていてもvagrant-sshfsが自動検出してくれない）*1 *2
*1: VagrantPlugins::SyncedFolderSSHFS::SyncedFolder::find_executableで、ある程度環境に合わせてパスを登録してくれているのだけれど、Cygwinでインストールされる/usr/sbinだけで、/usr/lib/sshは登録してくれない。
*2: 環境分岐に使っている Vagrant::Util::Platform で、MSYS2として検出するか、Cygwinと同じとして検出してほしいが、そうなってない。（コマンドプロンプトと同じくくりになってしまう）
追記：2017/01/24
取り急ぎ普段の使い方で時間を計ってみました。
ホストはSSDで、/vagrant以下のソースコードを、out-of-sourceでtmpfsにビルド。（≒Readのみ）
※rsyncはvagrant up時にエラーが出て、まれにいくつかのファイルがコピーされないことがありました。
| real | user | sys | |
|---|---|---|---|
| sshfs | 11m38.785s | 1m15.201s | 0m26.677s |
| vboxsf | 1m59.664s | 1m20.970s | 1m29.213s |
| rsync | 0m38.236s | 1m 3.831s | 0m 7.747s |