注意
それぞれの意味が何であったのかをメモし忘れたので，後で書きます．
なお，TeXLiveのuplatex+dvipdfmxを普段は使用しています．
また，日本語フォントの埋め込みに関しては，色々と変わっている所があるようなので，現在のバージョンに適合しないかもしれません(未検証)．
ご注意下さい．
こことここを読むと良い気がします．
TeXLiveにおける日本語フォント埋め込みのセットアップ
セットアップは1回やればよいので，この記事に書くべきか迷ったけれど，とりあえず書いておきます．
- macOS Sierra 10.12.6
- TeXLive 2018
日本語組版でヒラギノフォントなどを使用する場合は，その設定を行うパッケージが必要．
それらはメインストリームのリポジトリ(main)からTLContribというリポジトリに移動した模様．
リポジトリの設定方法を参考にして，リポジトリを追加:
$ tlmgr repository add http://contrib.texlive.info/current tlcontrib
$ tlmgr pinning add tlcontrib '*'
$ sudo tlmgr update --self --all
次に必要なパッケージをインストール:
$ sudo tlmgr install japanese-otf-nonfree
$ sudo tlmgr install japanese-otf-uptex-nonfree
$ sudo tlmgr install ptex-fontmaps-macos
$ sudo tlmgr install cjk-gs-integrate-macos
その後は，TeXWikiの解説に従って，フォント関連の設定を実行:
$ sudo cjk-gs-integrate --link-texmf --cleanup
$ sudo cjk-gs-integrate-macos --link-texmf
$ sudo kanji-config-updmap-sys --jis2004 hiragino-elcapitan-pron
ここまで実行すれば，日本語のフォント(上の場合はヒラギノ)が埋め込まれるようになる．
フォントが埋め込まれているかどうかは，Adobe Readerなどで開いて「プロパティ」から，またはpdffontsコマンドなどで確認できる．
最後のコマンドについては，自分の環境に合致したコマンドを実行すること．
TeXファイル内で行うパッケージなどの設定
まずは，冒頭の部分，クラスファイルを指定する前に:
\RequirePackage[l2tabu, orthodox]{nag}
次はpreamble:
\usepackage{lmodern}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[full]{textcomp}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[all,warning]{onlyamsmath}
\usepackage{amsmath,amssymb,amsfonts}
\usepackage{type1cm}
\usepackage{amsthm}
%% ここからは好きなものを使う．同時に使えないものもある．
%\usepackage{newtxtext}\usepackage[varg]{newtxmath}
\usepackage{newpxtext}\usepackage[varg]{newpxmath}
\usepackage[zerostyle=c]{newtxtt}
% \usepackage{txfonts}
% \usepackage{euler}