homebrew で Emacs をインストールする際に、GUI版の Emacs.app を使いたい場合に、
brew install emacs --with-cocoa
を使っていました。
しかし、2019年1月 (#36070) に --with-cocoa
オプションは廃止されていたようです。
参考: No option --with-cocoa in Homebrew formula anymore
解決
Emacs.app を使いたい場合は、cask で入れる等があるようです。
brew cask install emacs