ども、ストーリーボードオタクのtaです。ストーリーヲタじゃないよ？ あとストリートヲタでもない。
図とかコードとかないので読みづらいと思いますが相済みません。なにかしら困ってる方のヒントになれば。
なお、結論から言うと、「unwind先を別に設定しろ」です。
XCode5では、どうだったのか
UINavigationControllerとリレーション接続したViewControllerから、モーダルセグエでモーダルなVCに遷移するパターンを想定します。
（NavControllerでVCを包むのは、画面の統一感を出したいとか、上部の左右に、ボタンを簡単に実装したいとか、そんな理由です）
XCode5では、NavgationController（N）と実際に表示するViewController（A）とをストーリボード上でリレーション接続します。
次に（A）と別のVC（B）をモーダルセグエで接続した場合、unwindによる（B）の戻り先を（A）と指定していました。
（NavigationControllerにソースコード追加しないで済むし、遷移の対応付けとしては、常識的な感じがしますね）
そして、これは、期待通りiOS7でも8でも動作します。（XCode5でコンパイルした場合）
しかしXCode6では動かない
このプロジェクトをXcode6に持ってきて、つまり、iOS8SDKでコンパイルするとモーダルパネルが「unwindできん」ので「動かないよ、リセットリセット」と、割と致命的な不具合が起きるんですよ、デギン閣下。このバイナリは、iOS7でも8でも不具合を起こしてしまいます。（微妙に動作が異なる）
いろいろ試してみましたが、この状態でも、さらに孫のmodalから（B）へのunwindは普通に動くし、（B）に設定したsegue「以外」のIBActionセレクタはEvent駆動するし、ボタンを押すと押されたアニメーションもするので、画面がフリーズしてるわけでもない。
ひらめきによる回避策
んで、ものは試しに！ NavigationController（N）に、unwindの戻り先セレクタを記述し、直接（B）から、unwindしてやったら、なんと動きやがりました！！！
他に、TABBarControllerを使っている場合、そっちにunwindしてやったり、他のTAB配下のVCにunwindしても動いたりするようです。なんでやねん。
「遷移」の記述方法という観点で見ると、非常に不審で、甚だ怪しい感じですが、とりあえず回避策として、Xcode6でも動くようになりました。納得いかん。
あくまで一時的な対症療法と思いますが、unwind先を変えてみて問題なさそうならそれで行く、という感じですかね〜。ということで、特殊なコードを追加せず解決してみました。
以上、サイド3からのレポートを終わります。寒いのう。
閑話。
Xcode5.1.1でコンパイルしたものは、iOS8の実機でも期待どおりunwindできるので、他にバグがないのであれば、性急に対応する必要は無いです（リリース済みアプリで不具合起きてるのかと思って一瞬ビビりますね）
Xcode6ではモーダルセグエは非推奨。（あ、プッシュも）。ということなので、新規アプリではまったく別のアプローチのUIを考えるのもいいでしょう。
しかし、そもそも、なんでiOS7と8のSDKでそんなに動作が異なる事態になってるのさ？ デグってるように見えるじゃん？ 非推奨にしたからといって、元々の動作と異なるものにしていい道理はないんで、小一時間問い詰めたい。小一時間と言わず問い詰めたい。
休題。