ニューロイメージングソフトウェア一覧を作ろうと試みた。
List
3D Slicer
画像解析に携わったことがある人なら一度は触る多次元画像処理ソフトウェア。ハーバード発。テンソルイメージングデータも処理可能。
https://www.slicer.org/
Analysis of Functional NeuroImage (AFNI)
主にMRIの脳機能解析を目的に開発されたソフトウェア。
https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/background_install/main_toc.html
AnalyzeDirect
メイヨークリニックのBiomedical Imaging Resources (BIO)部門で開発されたソフトウェア。
脳機能解析だけでなく、いろんな解析が行える。有償。
Bioimage Suite
イエール大発。デスクトップとWeb型が無償で利用できる。
使いこなすには、YouTube必聴。
https://bioimagesuiteweb.github.io/webapp/
BrainMagix
いろいろなことができそうな機能満載。有償。一部、SPM処理結果を表示するViewerのみ無償。
BESA (Brain Electrical Source Analysis)
BESA MRIというパッケージで脳機能解析ができそう。有償。
https://www.besa.de/home/downloads/besa-mri/
Brain Image Analysis Kit
こちらもいろいろできそうですごい。ノートブックで可視化する方法がいい感じ。
https://brainiak.org/
BrainVISA
こちらもいろいろできそう。非公開パッケージも気になる。
https://brainvisa.info/web/index.html
Brain Voyager
有償。でもいろいろできそう。
CamBA
fMRI用の解析ソフト。2009年に開発が終了している模様。
https://www.nitrc.org/projects/camba/
Camino Open-source toolkit for diffusion MRI
DW画像の解析に特化したアプリケーション。
http://camino.cs.ucl.ac.uk/
Caret(Computerized Anatomical Reconstruction Toolkit)
fMRIの可視化用ツールに良く用いられていたようだが、2009年に開発が終わってしまったのだろうか。webcaretもあったはず。
caretというワードで検索しても、Rの機械学習パッケージのcaretがヒットするが、同じものではないはず。
Fiasco/FIAT
Toolkit for analysis of functional brain images。
開発は終了している模様。
FMRIB Software Library (FSL)
必須ツール。これがないと処理を完結できない人が多いといってもいいのではないだろうか。
https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/docs/
FMRLAB
fMRIの解析に特化したMatlabツールボックスのひとつ。いろいろな脳機能解析ができそう。
https://sccn.ucsd.edu/fmrlab/
FreeSurfer
脳機能解析をしている人は知らない人がいないくらい有名なソフトウェア。
Linux/MacOSのみ。
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FreeSurferWiki
ISAS (Ictal-Interictal SPECT analysis by SPM)
経時的なSPECT画像を解析するためのSPMパッケージ。
http://spect.yale.edu/
LIPSIA (Leipzig Image Processing and Statistical Inference Algorithm)
fMRI解析用ソフトウェア。
https://www.cbs.mpg.de/institute/software/lipsia
LONI Pipeline
脳機能解析のパイプラインとなるワークフローを構築して処理を進められる。
https://pipeline.loni.usc.edu/
MNI MINC
脳機能解析用パッケージ。
https://github.com/BIC-MNI/minc?tab=readme-ov-file
MRIcro
画像の表示、3D-ROIの編集、線形位置合わせなどが行える。SPM用のanalyze形式データに変換なども可能
https://people.cas.sc.edu/rorden/mricro/mricro.html
mrVista
DW画像解析など。スタンフォード発。
https://github.com/vistalab/vistasoft/tree/master
Net Station
有償。（egi.com）
NITRC
様々なツール群が公開されている。
https://www.nitrc.org/
PyMVPA
fMRIで多変量パターン分析ができるパッケージ。
http://www.pymvpa.org/tutorial.html
Shanoir
Shanoir-Next Generation。ニューロイメージングデータのデータベース化や検索を助けるツールのよう。
https://github.com/fli-iam/shanoir-ng
Signed differencial mappings (SDM)
Seed base d mappings（Signed differencial mappings）は、fMRI、VBM、DTI、PET などの神経画像技術を用いて、脳の活動や構造の違いに関する研究をメタ分析するための統計的手法。これを処理してくれるツール。
https://www.nitrc.org/projects/sdm/
Statistical parametric Mappings (SPM)
いろいろな脳機能解析ができるツール。
https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/
おわり
単純に3D表示するだけのものや、体積を測るだけ、というソフトウェアはリストから除外したつもりだが、他にもいろいろなツールがあると思う。
（ImageJ系の脳解析ツールは人以外が対象になっているものも多いので載せていないが、たくさんある。）
コアな処理をしているものは列挙してみたが、どうだろう、抜けまくってたらすみません。
2025/05/11