設定ファイルは~直下にあるので~が一緒だと切り替えられない。逆に言えば~さえ違えばユーザーは一緒でもいいのでvipwでユーザーの別名を作ってやって~が別の(例えば元の~から見ると~/.child)ディレクトリを指すように設定する。別名のエントリはオリジナルより後の行にすること。
普通にuseradd使うと既存ユーザと同じIDは指定できないのでユーザーのエイリアスは作れない。なのでvipwで/etc/passwdを書き換える必要がある。/etc/shadowも書き換えて両方にエントリを作る。
これで別名でログインすると~が別になるので同じユーザで違う設定を使える。もっとも、解像度の違う端末で設定が混ざらないようにするという目的なら別のデスクトップ環境を使うのも手だけど。
それと、どうやらエイリアスでログインするとオリジナルのユーザ名が使われる、というか使われるユーザ名は最初のエントリっぽい。なので別名のエントリをオリジナルより後にしとくと何かと便利。