表題のエラーはRun→Run configurations...を選ぶと出てくるダイアログでAndroid Applicationに複数のアプリが登録されている時にその中からアプリを選んだ時に右側に出てくるAndroidタブの中にあるProjectが空欄なのが原因。
欄の右のBrowseボタンを押して選べばおk。
なお、Android以外の場合はやったことないし知らないけどAndroid以外のプロジェクトでもそうなる可能性は多々ある。
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