【Scanpy, scRNA-seq】ScanpyのUMAPに再現性を持たせる

起きていた問題

Scanpyで描いたUMAPに再現性がない。
予想としてはPCAの部分で相違が生まれていそう。

環境

こちらのDockerイメージをスパコンのSingularityコンテナとして利用。
バージョン情報:

scanpy==1.7.0 anndata==0.7.5 umap==0.5.1 numpy==1.19.2 scipy==1.5.2 pandas==1.1.3 scikit-learn==0.23.2 statsmodels==0.12.0 python-igraph==0.9.0 louvain==0.7.0 leidenalg==0.8.3, 

解決方法

#1187で議論されているように、環境変数OMP_NUM_THREADSを設定し、BLAS librariesが使用するCPU数を制限することで再現性が確保された。

import os
os.environ['OMP_NUM_THREADS'] = '1'

import numpy as np
import pandas as pd
import scanpy as sc

〜以下省略〜

疑問・補足

ローカルのDockerコンテナおよびJupyterLab上では、同様にしても再現性を確保できなかった。
なぜ?

また今回は上記の環境変数OMP_NUM_THREADSのみの指定で再現性が確保されたが、
#313で取り上げられている通り、ハッシュランダム化を無効化する、

os.environ['PYTHONHASHSEED'] = '0'

についても指定しておいたほうが良さそう。