事前準備：

カスタムドメインを購入済みであること。
Appsevicedomainを購入したので、それを使う予定です。
(補足：Appservicedomainを購入したことは、つまりAppserviceの証明書も持っていると認識しています。)

参照文章：App Service ドメインの購入と管理
https://learn.microsoft.com/ja-jp/azure/app-service/manage-custom-dns-buy-domain?toc=%2Fazure%2Ffrontdoor%2FTOC.json

AFDのカスタムドメインの追加作業

基本は以下の文章の通りで作業すれば問題はありません。
https://learn.microsoft.com/ja-jp/azure/frontdoor/standard-premium/how-to-add-custom-domain

私の作業履歴は以下です。
ドメインの追加で以下の選択をします。

「保留中」をクリックして以下の通り、TXT recordをドメインDNSゾーンに追加します。
(このTxt recordが登録することにより、自分がドメインを所有していることの裏付けとなります。そもそも所有していないと、txt recordの登録ができません。)

5分後、検証状態は「検証中」から「承認済み」に変わった。(Txtrecordの登録が成功したので、該当ドメインを所有しているね。)

では、Endpointの関連付けを行います。

関連付けした後、すぐ証明書の状態が変わりました。残りはCnameを作成することです。

CNAMEの作成をクリックすれば、DNSzone上にCNAMEを作成してくれます。とても便利です。

DNSゾーン上で確認してみよう。Text recordとCnameが作成されたことが確認できます。

NslookupとDigで確認しましょう。
C:\Users\hirtan>nslookup tantestafd.jpninjateams.com
サーバー: WN-DX1167R.AirPort
Address: 192.168.0.1

権限のない回答:
名前: s-part-0019.t-0009.t-msedge.net
Addresses: 2620:1ec:bdf::47
13.107.246.47
Aliases: tantestafd.jpninjateams.com
tantest-afdjayasbqfxbbg0.b02.azurefd.net
shed.dual-low.s-part-0019.t-0009.t-msedge.net

C:\Users\hirtan>dig tantestafd.jpninjateams.com
;; ANSWER SECTION:
tantestafd.jpninjateams.com. 3596 IN CNAME tantest-afdjayasbqfxbbg0.b02.azurefd.net.
tantest-afdjayasbqfxbbg0.b02.azurefd.net. 56 IN CNAME shed.dual-low.s-part-0019.t-0009.t-msedge.net.
shed.dual-low.s-part-0019.t-0009.t-msedge.net. 56 IN CNAME s-part-0019.t-0009.t-msedge.net.
s-part-0019.t-0009.t-msedge.net. 7 IN A 13.107.246.47

無事にアクセスも成功です。

ブラウザーから証明書を確認すると、以下となります。AFD managed 証明書はDigCertで発行したものですね。