Unityのバージョンを上げたらこのようなエラーメッセージが発生してPrefabの更新ができなくなった。
You are trying to replace or create a prefab from the instance 'hoge' that references a missing script. This is not allowed. Please change the script or remove it from the game object.
や
The referenced script on this Behaviour is missing!
こういったエラーもあるそうです。
これはどうやらScriptが参照エラーになったオブジェクトのPrefab更新等がUnityのバージョンアップで、できなくなったっぽいです。
#対処方法
###http://wiki.unity3d.com/index.php?title=FindMissingScripts
ここのFindMissingScriptsをEditorにぶち込んで
Prefabの全オブジェクトを選択した上で、Window>FindMissingScriptsを選択してやるといいです。
Consoleに参照エラーが起きてるオブジェクトが表示されるので、そいつのコンポーネントを削除してやるといいです。