pybind11で二項分布を計算してみる。

このテキストについて

scipy 1.1.0 の binom.pmfをc部分を抜き出し、pybind11で直接bindして速度計測したもの。
内容はGithub repositoryにある。

scipyのc部分

おおよそここにあるガンマ関数のlogを写したものを使う。定数などは適宜変更してある。結果はここ
に示した通り。

計算実験

python上(jupyter上)で行う。

from binomial import binomial
from scipy.stats import binom
# 計算用のparameter
params = (4, 30, 0.3)
binomial(*params) == binom.pmf(*params) # ==> True

%%timeit
binomial(*params)
# ==> 420 ns ± 10.9 ns per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1000000 loops each)

%%timeit
binom.pmf(*params)
# ==> 97.3 µs ± 1.78 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10000 loops each)

100倍ぐらいの速度差が出ている。

終わりに

とりあえずやって見たけれど、想像した以上の差が出た。
なぜこの差が出るかは後ほどプロファイルしてみる予定。