$ brew link libtool
すると、以下のエラーが。
Error: Could not symlink share/info/libtool.info
/usr/local/share/info is not writable.
こういうエラーが出るときは、書き込み権限の問題。
brewはUserから可能だが、 /usr/local/share/info 自体は root 権限になっていたことが原因と考えられる。
$ sudo chown -R $USER /usr/local/share/info/
$ brew link libtool
$ brew doctor
これでエラーを吐かなくなった。