このエラーは　Main.storyboard ファイルが削除され、コードの一部がまだそれにアクセスしようとしている場合、Xcode は「バンドル NSBundle に「main」という名前のストーリーボードが見つからなかった場合に発生します。
(Main.storyboardを誤って削除してしまった場合は作り直せばいいです。)

一方、意図的にMain.storyboardを削除した場合はMain.storyboardを読み込まないように設定する必要があり、それは以下の手順で行います。

[PROJECT NAME]in project navigater >[General] > [Development Info] > [Support multiple windows]
Click (-) icon (Delete [Main storyboard file base name])

[Main storyboard file base name]の(-)アイコンをクリックして削除

すると項目が消えるので、それで完了です

削除後のリスト