(プロジェクト名)\.settings\org.eclipse.wst.common.componentを開く。
<wb-resource deploy-path="/" source-path="/WebContent" tag="defaultRootSource"/>
の部分を<wb-resource deploy-path="/" source-path="/" tag="defaultRootSource"/>に書き換える。

org.eclipse.wst.common.component

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<project-modules id="moduleCoreId" project-version="1.5.0">
    <wb-module deploy-name="webapp">
        <wb-resource deploy-path="/" source-path="/" tag="defaultRootSource"/>
        <wb-resource deploy-path="/WEB-INF/classes" source-path="/src"/>
        <property name="context-root" value="webapp"/>
        <property name="java-output-path" value="/test/build/classes"/>
    </wb-module>
</project-modules>