gitのfilemode

Gitは実行権限しか管理していない

これは重要。
Gitで管理しているファイルについて、基本的にパーミッションは 0644 になっていると想いますが、これを例えば 0600 （ファイル所有者以外の読み取り権限をなくす）にする方法は ありません。

できるのは 0644 ⇔ 0755 だけです。

ファイルのGit上でのパーミッションを確認する方法

% git ls-files --stage {ファイル名}
100644 e9bc5dd70ad1d7b08b5cdf14906ef239f2e13367 0	{ファイル名}

パーミッションを無視する設定

Git上のパーミッションの影響を受けたくない場合はこちら。

設定する

$ git config core.filemode false

確認する

$ git config -l | grep filemode

gitに対して明示的にパーミッションを変更する

実行権限を付与するとき

$ git update-index --add --chmod=+x [filename]

実行権限を外すとき

$ git update-index --add --chmod=-x [filename]

参考URL

上記URLにも、

--chmod=(+|-)x
Set the execute permissions on the updated files.

と書かれている通り、「u」「g」「o」や「-r」「-w」とかはないです。全体に対する実行権限の変更のみ。