Gitは実行権限しか管理していない
これは重要。
Gitで管理しているファイルについて、基本的にパーミッションは 0644 になっていると想いますが、これを例えば 0600 （ファイル所有者以外の読み取り権限をなくす）にする方法は ありません。
できるのは 0644 ⇔ 0755 だけです。
ファイルのGit上でのパーミッションを確認する方法
% git ls-files --stage {ファイル名}
100644 e9bc5dd70ad1d7b08b5cdf14906ef239f2e13367 0 {ファイル名}
パーミッションを無視する設定
Git上のパーミッションの影響を受けたくない場合はこちら。
設定する
$ git config core.filemode false
確認する
$ git config -l | grep filemode
gitに対して明示的にパーミッションを変更する
実行権限を付与するとき
$ git update-index --add --chmod=+x [filename]
実行権限を外すとき
$ git update-index --add --chmod=-x [filename]
参考URL
上記URLにも、
--chmod=(+|-)x
Set the execute permissions on the updated files.
と書かれている通り、「u」「g」「o」や「-r」「-w」とかはないです。全体に対する実行権限の変更のみ。