アプリのアップデート実装を行っていたところ、Storyboardを開くとこのようになって、設定したオブジェクトやLayoutの設定が全て半透明になっていました。

半透明になっているせいか、レイアウトの編集など何もできない状態になってしまっていました。
アプリを起動すると、問題なくきちんと表示はされる。
コード上ではきちんとオブジェクトと連携はされている。
なぜかStoryboard上だけ。。。と思い返してみるとSizeClassesの設定がリセットされていました。

これを

このように変更してみると、

戻った!
かなり前に作成したアプリで、SizeClassesはiPhoneだけでいいや…というものがこんなところでつまずくとは。。。
原因はおそらくcocoaPodsの導入をしたからかな…と思っています。
xcodeprojファイルではなく、xcworkspaceファイルから起動すると、こういうことが起こるのでしょうか。
ひとまず解決。
あまりないかもしれませんが、何かの役に立てれば幸いです。
余談ですが、逆を言えば、
SizeClassesを変更したいときには全てレイアウト等全て再設定する必要があるということですね。。
かなりしんどい。。このあたりうまいことやってくれないでしょうかね。。。。