SMARTerを用いて調整したcDNAからKAPA HyperPrepおよびSeqCap adapterキットを用いてRNA-seqライブラリを構築した。
illuminaのシーケンサーで解析するためにillumina Experiment Manager（IEM）に登録する必要があるが、illumina社純正のキットしかIEMからは選択できない。
IEMにサードパーティー製のライブラリ調整方法やインデックス情報を反映させる方法を探した。KAPAの公式から出ているこのスライドを参考にした。https://www.n-genetics.com/products/1104/1024/18624.pdf
参考リンク通りの作業で解決した。
IEMが読み込む、”IndexKits”と”Applications”、"SamplePrepKits"のフォルダ直下にあるテキストファイルを書き換えるor追加でOK
特筆することでもないが、以下に注意
★元のフォルダごとバックアップを取りながら作業する ★近しいシステムのファイルをコピぺ＆修正して完成形に近づけていくこと（シングルエンドorペアドエンド？） ★IEMは起動時に読み込んだ”IndexKits”と”Applications”、"SamplePrepKits"を参照する。すなわち起動しながら作業しても、変更は反映されない。
インデックスはここを参考にいろいろやる（親の顔より見るPDF）
https://dnatech.genomecenter.ucdavis.edu/wp-content/uploads/2019/03/illumina-adapter-sequences-2019-1000000002694-10.pdf