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誰でも簡単に量子計算自動化2(google colabでpsi4&RDKit)

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Google Colabを活用して誰でも簡単に量子計算自動化できるようになる記事です。前回はpsi4のみをColabに導入しました。今回はColobにRDKitとpsi4の両方を導入する方法について解説します。

Google Colabの使い方はこのサイトがおすすめです。
psi4についての説明はこのサイトがおすすめです。
RDKitについての説明はこのサイトがおすすめです。

psi4とRDKitのインストールとimport

時間がない人やとりあえず動けばいいという人は,以下のコードを貼り付ければColab上にconda環境の構築からpsi4とRDKitのimportまでができるようになります.

psi4_and_RDKit.ipynb

# コンダの実装
!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
# psi4のインストール
!conda install -q -y -c psi4 python=3.6 psi4
# RDKitのインストール
!conda install -q -y -c rdkit python=3.6 rdkit
#pathの追加
import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.6/site-packages/')
# psi4,RDKitのimport
import psi4
from rdkit import rdBase

コード各部の説明については以下を参照してください.

conda環境の構築とpsi4のインストール

前回と同様です。

1.minicondaのインストールスクリプトのダウンロード
2.スクリプトの実行権限の付与
3.インストールスクリプトを実行して/use/local下に環境構築
4.psiはpython3.7では失敗するので、python3.6のバージョンをインストール。

# コンダの実装
!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
# psi4のインストール
!conda install -q -y -c psi4 python=3.6 psi4

RDKitのインストール

python3.7バージョンを入れようとしたのですが、こちらも失敗したので、python3.6バージョンをインストールします。
ちなみに、psi4なしではpython3.7バージョンをインストール可能です(参考)。

# RDKitのインストール
!conda install -q -y -c rdkit python=3.6 rdkit

モジュール検索パスにpsi4、RDKitの場所追加

sys.path.append('/usr/local/lib/python3.6/site-packages/')

終わりに

今回は「誰でも簡単に量子計算自動化2(google colabでpsi4&RDKit)」という記事を書きました.初心者にとってpythonの環境構築は挫折ポイントの1つですので,Google Colabを使うことで気軽に分析が始められる点は大きな利点だと思います.
私のブログではもっと詳細な情報や、化学系のグラフ作成方法など幅広く紹介しているので是非参考にしてみてください。
次回はGoogle Colob上で実際に計算処理を実行する方法を解説する予定です。

参考

https://future-chem.com/rdkit-google-colab/ Google ColabでRDKit:ケモインフォマティクス用のpython環境を手軽に構築

https://effichem.blogspot.com/ 私のブログ

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