vscode copilot chatでCuのスラブモデル作ってみました。
なんか半分は教えたってる、という気分。

まあしかし、枠組みを作ってくれるので、ありがたいのはありがたい。
マニュアルを読む時代ではなくなってきたのかもしれないな。
あと５年もたてばかなりできるようになるんとちゃうかな。

# 必要なライブラリをインポート
from pymatgen.core import Structure, Lattice
from pymatgen.io.vasp import Poscar
import plotly.graph_objects as go
import numpy as np

# Cuのfcc構造を取得
lattice = Lattice.cubic(3.615)  # Cuの格子定数
cu_structure = Structure(lattice, ["Cu", "Cu", "Cu", "Cu"], 
                         [[0, 0, 0], [0.5, 0.5, 0], [0.5, 0, 0.5], [0, 0.5, 0.5]])

# スラブの厚みを2倍にし、スラブとスラブの距離をスラブの厚みの2倍に設定
slab_thickness = 2 * lattice.c
vacuum_thickness = 2 * slab_thickness

# 100方向のスラブを生成
slab_sites = []
for z in np.arange(0, slab_thickness, lattice.c / 2):
    for x in np.arange(0, lattice.a, lattice.a / 2):
        for y in np.arange(0, lattice.b, lattice.b / 2):
            if (x + y + z) % lattice.a == 0:
                slab_sites.append([x, y, z])

# スラブ構造を作成
slab_lattice = Lattice.from_parameters(a=lattice.a, b=lattice.b, c=slab_thickness + vacuum_thickness, alpha=90, beta=90, gamma=90)
slab_structure = Structure(slab_lattice, ["Cu"] * len(slab_sites), slab_sites, coords_are_cartesian=True)

# POSCARファイルを書き出し
poscar = Poscar(slab_structure)
poscar.write_file("POSCAR")

# プロットの初期化
fig = go.Figure()

# スラブをx, y, z方向に周期的に描画
nx, ny, nz = 2, 2, 3  # x, y, z方向の周期数
for i in range(nx):
    for j in range(ny):
        for k in range(nz):
            for site in slab_structure:
                fig.add_trace(go.Scatter3d(
                    x=[site.coords[0] + i * slab_structure.lattice.a],
                    y=[site.coords[1] + j * slab_structure.lattice.b],
                    z=[site.coords[2] + k * slab_structure.lattice.c],
                    mode='markers',
                    marker=dict(size=5, color='green'),
                    name='Cu Atoms'
                ))

# レイアウトを設定
fig.update_layout(
    scene=dict(
        xaxis_title='X',
        yaxis_title='Y',
        zaxis_title='Z',
        aspectmode='data',  # アスペクト比をデータに基づいて設定
        camera=dict(
            projection=dict(
                type='orthographic'  # 遠近法を使わない
            )
        )
    ),
    title='3D View of Cu Slab Model with Periodicity'
)
fig.update_layout(width=800, height=800)
#fig.update_layout(scene_aspectmode='cube')

# プロットを表示
fig.show()