PandasのデータフレームをRに読み込ませる

やりたいこと

rpy2やpyperでPythonからRを呼び出せることは知っていた。しかし，Pythonで整形したデータフレームをRが読み込んでRStudio上などで解析するやり方が探せなかったので，以下にやり方を残しておく。

やり方

確認した実行環境

• Python 3.9.0
• R 4.1.1
• pandas 1.2.5
• PypeR 1.1.2

converter.py

import pyper
import pandas as pd
from pathlib import Path, PosixPath
from typing import Union

def save_rds(df: pd.core.frame.DataFrame, file: Union[str, PosixPath]) -> bool:
    strfile = str(file)
    pathfile = Path(file)
    # datetime型があると変換エラーが起こるのでstrにする
    df = pd.concat([df.select_dtypes('datetime').astype(str), df.select_dtypes(exclude='datetime')], axis=1)
    # PosixPathがあると変換エラーが起こるのでstrにする
    df = pd.concat([df.select_dtypes('object').astype(str), df.select_dtypes(exclude='object')], axis=1)
    r = pyper.R(use_pandas='True')
    r.assign("df", df)
    r(f'saveRDS(df, file="{strfile}")')
    ret = r.get(f'readRDS("{strfile}")')
    if ret is None:
        print('Conversion failed')
        pathfile.unlink()
        return False
    else:
        return True

解説

なんということはなく，pyperなどでデータフレームをR側に渡して，saveRDS()でシリアライズしているだけである。
自分がつまづいた点としては，

1. Pandasにdatetime型があると変換に失敗する
2. Pandasのobject型の中にPosixPathがあると変換に失敗する (自分はファイルの解析をする際にパス情報としてよく入れている)
3. 日本語が入っていると変換に失敗する

があり，1, 2の対策は関数の中に実装した。他にもいろいろあると思うのでsaveRDS() の後にreadRDS()でバリデーションしている。Conversion failedが出たら適宜対策を入れてほしい。

あとはR側でreadRDS()してもらえればよい。余談ではあるが，strに変換したdatetimeはR側ではas.Posixlt()すれば時間として扱うことができる。

以上