El Capitan で brew update したらコケた時に僕が対処した手順

/usr/localのオーナーを変更

El Capitanから導入されたセキュリティにともなって(？)/usr/localのオーナーがroot:wheelとなったそうです。
このため、brew updateすると「書き込み権限ないぞー」って言うエラーが発生しました。
そこで、以下の2つのコマンドを実行しました。(${USER}には自分のユーザー名を入れてください)

sudo chown -R ${USER} /usr/local
sudo chgrp staff /usr/local

下のでも良かったかも…

sudo chown -R ${USER}:staff /usr/local

/usr/localをgit pullする

コマンドは以下の通りです。

cd /usr/local && git checkout .
git fetch origin
git reset --hard origin/master

brew updateする

上記の対応後「brew update」すると出来ました。

※僕の環境での話なので参考程度にしてもらえればと思います。