問題

docker-compose run 〜を実行したら表題のエラーが発生しました。

Creating network "~" with driver "bridge"
ERROR: Pool overlaps with other one on this address space

訳すとプールがこのアドレス空間で他のプールと重複していますということ。
同じものを作ろうとしてしまっていたということでしょうか。

原因

docker-compose.yml にて同じネットワーク名称で作成をしていたためでした。

解決策

使用されていない残っていたネットワーク設定を削除します。

docker system prune
WARNING! This will remove:
  - all stopped containers
  - all networks not used by at least one container
  - all dangling images
  - all dangling build cache

Are you sure you want to continue? [y/N] y

全て消してしまえばOKです。
これでdocker-compose run が実行できました。