Macの場合のみです。
コンソールから起動して、下記のようなオプションを指定。
Mist.app/Contents/MacOS/Mist --rpc http://localhost:8545 --swarmurl="http://swarm-gateways.net"
--rpcオプションで起動中のgethクライアントを指定しましょう。
--swarmurlオプションは、ちゃんとswarm用のポートを開けたりした方が良いのでしょうが、
不要な場合はとりあえず上記で動くのでこれで良いかと。