Rで論文っぽい図を描く⑤ ggplot2のグラフ上に2way ANOVAのp値を半自動的に表示する

今回はTwo-way ANOVAの結果を図に直接示すようなことをしたいと思います。
全ての値をannotateしていると大変なのと、Rにやってもらうことで打ち間違いも防げます。

##データ読み込み

data(iris)
head(iris) #確認

Two-way ANOVAをしたいので、今回も、例によって架空のTemperature列を入れていきます。
元から2要因あるデータを持っている場合はこれは必要ありません。

iris$Temperature <- rep(c(rep("High", 25), rep("Low", 25)), 3)

##Two-way ANOVA

#Two-way ANOVAをやる
anovasummary <- summary(aov(Sepal.Length ~ Species * Temperature, data = iris)) 
anovasummary <- anovasummary[[1]]
#p値を抜き出す
anovap <- as.data.frame(anovasummary[1:3,5])
#要因の名前の列を作る
anovap$factor <- as.character(row.names(anovasummary)[1:3])
#謎に要因の後ろにスペースができる場合があるので消しておく
anovap$factor <- sub(" .*", "", anovap$factor) 
#交互作用のところを良い感じにしてみた。
anovap$factor <- sub(":", " × ", anovap$factor) 
colnames(anovap) <- c("p-value", "factor")

#確認
head(anovap)

追記。以下の方法でもスペースを消せるようです。@dfghdfdjftyfghvgjhk様より教えていただきました。また、本題とは関係ないですがTemperature列を作った際のrep()にも、もっと簡潔に書くやり方があるようです。詳細はコメント欄を参照してください。

anovap$factor <- trimws(anova$factor)

##p値の大きさを判別し、全要因の結果を返す関数を作る

changep <- function(a) {
    #p値の大きさによって、返す文字列を決める
    p <- function(a) {
        if (a < 0.001) {
            return("p < 0.001")
        } else if (a < 0.01){
            return("p < 0.01")
        } else if (a < 0.05) {
            return("p < 0.05")
        } else {
            return("n.s.")
        }
    }

    #全要因に対して上の関数を当てはめ、結果を返す
    c <- NULL
    for (i in 1:nrow(a)){
        c <- paste0(c, "\n", a[i, 2], " : ", p(a[i, 1]))
    }
    return(c)
}

@dfghdfdjftyfghvgjhk様にコメントを頂き修正しました。

##ggplot2で図示

#結果入れる用の場所の確保のために、y軸の最大値より少し大きい値を格納しておく
yRoof <- max(iris$Sepal.Length)*1.2

#plot
library(ggplot2)
g <- ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length, fill=Temperature)) + 
  geom_boxplot(lwd=1.5) + 
  theme(panel.grid = element_blank()) +
   scale_fill_manual(values = c("grey", "white")) + 
  labs(y="Sepal Length (cm)", x=NULL) + 
  theme(axis.text=element_text(size=20, face = "bold", colour = "black"), 
        axis.title=element_text(size=25,face="bold", colour = "black"),
        axis.line = element_line(size = 1.2, colour = "black"), 
        panel.grid.major = element_blank(), 
        panel.grid.minor = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        legend.position = "none")
g <- g +
  annotate("text", x=Inf, y=yRoof,
           label=changep(anovap),
           hjust="right",
           size = 4)

#保存
ggsave("xxx.png", plot = g, width = 8, height = 8)

大きさとかは適宜調整が必要かもしれないです。
快適なggplotライフを送りたいですね。