結論... shebangで指定すべきインタプリタを誤って設定していた。　　`※コメントだとおもっていた件`

前提をお伝えすると、
ソースコードのフローチャートを自動化してくれるGemを、ソースコード可視化ツールを作りたかった。
こんなの↓

関連記事：Rails要らず、CGIとRubyでソースコードをフローチャートにするツール作成
関連リポジトリ：VisualizeSrc

詰まったところ

Gemを読み込みのためのrequire bundle/setup で「該当ファイルないぞ」って怒られる。
エラー内容は↓

/usr/share/rubygems/rubygems/core_ext/kernel_require.rb:55:in `require': cannot load such file -- bundler/setup (LoadError), referer: http://localhost/index.cgi

状況を整理すると

特定の実行Rubyファイル(A)にて、require bundler/setupがロードエラーになっていた.
- rbenvで環境指定はできている。
- 同じ環境下の他のRubyファイル(B)は実行は可能
  - かつRubyファイル(B)ではrequire bundler/setupは成功する
  - しかし、Rubyファイル(B)をRubyファイル(A)に取り込んで処理させると、やはり上述のロードエラーになる。
権限問題も解消
- 全て777に変更してみたが、それでも解決せず。

問題ソースコードはこちら

# 問題ファイル(result.rb)中身
----
  1 #! usr/bin/ruby
  2 require "bundler/setup" ← ここで死んでいた。
  3 require 'cgi'
  4 cgi = CGI.new
  5 print "Content-Type: text/html\n\n"
  6 print "<html>\n"
  7 print "<head>\n"
  8 print "<title>CGI Test</title>\n"
  9 print "</head>\n"
 10 print "<body>\n"
 11 print "<a href=\"/form.cgi\">\"こちらのページから画像が見れます\"</a>"
 12 print "</body>\n"
 13 print "</html>\n"
 14 $src = cgi["sub"]
...

エラー内容を詳しくみてみる。

教えてApache先生
apacheのエラーログを見てみると、(再掲になるが↓)

# /var/log/httpd/error_logのログ
/usr/share/rubygems/rubygems/core_ext/kernel_require.rb:55:in `require': cannot load such file -- bundler/setup (LoadError), referer: http://localhost/index.cgi

エラーの内容から明らかに、pathに誤りがあることがわかる。
- 失敗箇所は先に触れているが、指定ファイルがrequireできない、というもの...
- おそらく指定しているファイル/ロードパスに誤りがある...

心の声（その１）

　ん？でも、同じ環境下に作っているruby fileなのに１つは実行可能で、もう一つは実行不可能ってどういうこと?? Why Ruby！

※ちなみに、/usr/share/rubygems/rubygems/core_ext/kernel_require.rb:55をggるとたくさん、悩んでいる人がいた印象。軒並み検証してみましたが、解決せず。requireのあとに指定しているパスが間違っているよ、というアドバイスが多かった印象でした。

ということで、冷静にみましょう、ロードパス

RubyGems Environment:
  - RUBYGEMS VERSION: 3.0.2
  - RUBY VERSION: 2.3.8 (2018-10-18 patchlevel 459) [x86_64-linux]
  - INSTALLATION DIRECTORY: /usr/local/rbenv/versions/2.3.8/lib/ruby/gems/2.3.0
  - USER INSTALLATION DIRECTORY: /root/.gem/ruby/2.3.0
  - RUBY EXECUTABLE: /usr/local/rbenv/versions/2.3.8/bin/ruby
  - GIT EXECUTABLE: /usr/bin/git
  - EXECUTABLE DIRECTORY: /usr/local/rbenv/versions/2.3.8/bin
  - SPEC CACHE DIRECTORY: /root/.gem/specs
  - SYSTEM CONFIGURATION DIRECTORY: /usr/local/rbenv/versions/2.3.8/etc
  - RUBYGEMS PLATFORMS:
    - ruby
    - x86_64-linux
  - GEM PATHS:
     - /usr/local/rbenv/versions/2.3.8/lib/ruby/gems/2.3.0
     - /root/.gem/ruby/2.3.0
  - GEM CONFIGURATION:
     - :update_sources => true
     - :verbose => true
     - :backtrace => false
     - :bulk_threshold => 1000
  - REMOTE SOURCES:
     - https://rubygems.org/
  - SHELL PATH:

心の声（その２）

うん、rbenvで指定できている。。。Why Ruby！

と、もうわからん。頭を抱えているとshebangに出会ったのでした。

天の声(その１)

shebang/シバン(Unix) ってのがあるんだよ??
[引用] シバンまたはシェバン (英: shebang) とはUNIXのスクリプトの #! から始まる1行目のこと。起動してスクリプトを読み込むインタプリタを指定する。ハッシュ・バンまたはシェル・バン、シャープ・バンとも言うが、これらを縮めたシェバンという呼び方が一般的かつ簡素である。*

rbenv指定のrubyとgemが正しく指定できてなかった。shebangの指定先が間違っていた...YES, Ruby！！！

	本来使いたかったもの(正解)	誤って設定していたもの
設定したshebang	#! /usr/local/rbenv/versions/2.3.8/bin/ruby	#! usr/bin/ruby
結果	この配下にgemは存在するので成功する	gemをinstallしていないので、ロードエラーになる

本来は#! /usr/local/rbenv/versions/2.3.8/bin/rubyにすべて設定していて、ここを使いたかった。が、問題Rubyファイル(A)では特に関係のない(設定していない)インタプリタを指定してしまっていた。
恥ずかしながら、shebangをずっとコメントだとおもっていたため、原因特定が難しかった。
最終的にはgem envで右記を確認「RUBY EXECUTABLE: /usr/local/rbenv/versions/2.3.8/bin/ruby」して、shebang指定してあげたらOKだった。

[補足] 助けてくれた資料達...thanks!!

[余談] そもそもbundler/setupが何をしているのかは、こちらの記事がわかりやすかった。

Bundler入門 - setupとrequire を読み解く
- 要はgemファイルを一括で読み込んでいる
- gem同士の互換性を保ちながら各gemの導入、管理を行ってくれるのがBundler

お読み頂きありがとうございました。
以上になります。誰かのお役に立てば...
なにか間違っていたり、ベターな方法がある場合はご教示いただけると幸いです。