【分子動力学】PLUMED入門 その1. インストール

はじめに

これから数回に渡ってPLUMEDのチュートリアルを実行し、計算済みのトラジェクトリーに対して集団変数（CV）を計算する。
本記事ではまずPLUMEDでパッチを当てたGROMACSをインストールする。

参考

インストール方法

本記事では参考リンクにしたがい、condaを使ったお手軽な方法でGROMACS＋PLUMEDをインストールする。
本格的なインストールをしたい方は他の記事を当たってください。

なお、anacondaをインストール済みであるとする。
本チュートリアル用の環境を作成する。

# create environment
conda create --name ISDD-tutorial
# activate environment
conda activate ISDD-tutorial

以下のコマンドでGROMACS+PLUMEDをインストールする

conda install -c plumed/label/munster -c conda-forge gromacs

インストール途中で

    gromacs-2018.8             |       h3fd9d12_1         7.6 MB  plumed/label/munster

という記述があるので、PLUMEDでパッチを当てたgromacs-2018.8と思われる。

インストールできているか確認したければ以下を実行する

gmx mdrun -h

-plumedのオプションがあることも確認できる。

注意点として、新しくターミナルを立ち上げるときは必ず

conda activate ISDD-tutorial

を行うこと。