はじめに
GROMACSのpdb2gmxではいくつか力場を選べるが、デフォルトではCHARMM36mは無い。
この記事では、GROMACSでCHARMM36mを使う方法を述べる。
力場ファイルをダウンロードする
から、
CHARMM36 Files for GROMACS
"charmm36-feb2021.ff.tgz"をダウンロードして解凍する
解凍したフォルダをpath_to_gromacs/share/gromacs/topに移動する
pdb2gmxで処理
あとはpdb2gmxでpdbファイルを処理する
gmx pdb2gmx -f 1AKI_clean.pdb -o 1AKI_processed.gro
力場の選択で
1: AMBER03 protein, nucleic AMBER94 (Duan et al., J. Comp. Chem. 24, 1999-2012, 2003)
2: AMBER94 force field (Cornell et al., JACS 117, 5179-5197, 1995)
3: AMBER96 protein, nucleic AMBER94 (Kollman et al., Acc. Chem. Res. 29, 461-469, 1996)
4: AMBER99 protein, nucleic AMBER94 (Wang et al., J. Comp. Chem. 21, 1049-1074, 2000)
5: AMBER99SB protein, nucleic AMBER94 (Hornak et al., Proteins 65, 712-725, 2006)
6: AMBER99SB-ILDN protein, nucleic AMBER94 (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010)
7: AMBERGS force field (Garcia & Sanbonmatsu, PNAS 99, 2782-2787, 2002)
8: CHARMM27 all-atom force field (CHARM22 plus CMAP for proteins)
9: CHARMM36 all-atom force field (July 2020)
10: GROMOS96 43a1 force field
11: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals)
12: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205)
13: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)
14: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)
15: GROMOS96 54a7 force field (Eur. Biophys. J. (2011), 40,, 843-856, DOI: 10.1007/s00249-011-0700-9)
16: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)
CHARMM36が追加されている。
あとは通常どおり流せばよい。
水の力場はTIP3PがRecommendされていた
mdpファイルの記述
また、mdpファイル中の記述も下記が推奨されている
constraints = h-bonds
cutoff-scheme = Verlet
vdwtype = cutoff
vdw-modifier = force-switch
rlist = 1.2
rvdw = 1.2
rvdw-switch = 1.0
coulombtype = PME
rcoulomb = 1.2
DispCorr = no
余談
なお、デフォルトはCHARMM36mになっていて、CHARMM36を使う場合は、mdpファイルに
define = -DUSE_OLD_C36
と記述する。
基本的にはCHARMM36mを使った方が良いらしい