上のチュートリアルに従い、BAR法でメタンが水に解ける際の自由エネルギー変化を計算したので、その手順をメモする。

座標ファイルをmethane_water.gro, とポロジーファイルをtopol.topとして保存
各プロセスのmdpファイルを保存
λを変更したmdpファイルを生成するためのスクリプト、write_mdp.plとして保存、Jobを連続して実施するためのスクリプトjob.shを保存

write_mdp.plを実行する

perl write_mdp.pl em_steep.mdp
perl write_mdp.pl nvt.mdp
perl write_mdp.pl npt.mdp
perl write_mdp.pl md.mdp

λを変更したmdpファイルが生成されているので、これをMDPというディレクトリに移しておく

mkdir MDP
mv *.mdp MDP

job.shの必要な箇所を変更する
私の場合は以下を変更した（自分が使うGROMACSのbinの箇所を指定する）

GMX=/usr/local/gromacs/2020.6_GPU/bin

job.shを実行する

chmod u+x job.sh
./job.sh

あとは最後までジョブを実行してくれる。ちなみにλ=0（メタンと水が100%相互作用している）からλ＝1（メタンと水が全く相互作用しない）までλを0.05ずつ変更しながら計算を行っている。ラムダの値は21個で、各Production MDが1nsなので、合計ではざっと20nsの計算となる

md xvg
cp Lambda_*/Production_MD/md*.xvg xvg
cd xvg/

gmx bar -f md*.xvg -o -oi

出力は以下。

Final results in kJ/mol:

point      0 -      1,   DG  0.19 +/-  0.01
point      1 -      2,   DG  0.17 +/-  0.01
point      2 -      3,   DG  0.14 +/-  0.00
point      3 -      4,   DG  0.10 +/-  0.01
point      4 -      5,   DG  0.06 +/-  0.01
point      5 -      6,   DG  0.01 +/-  0.01
point      6 -      7,   DG -0.05 +/-  0.01
point      7 -      8,   DG -0.15 +/-  0.01
point      8 -      9,   DG -0.24 +/-  0.02
point      9 -     10,   DG -0.37 +/-  0.01
point     10 -     11,   DG -0.55 +/-  0.01
point     11 -     12,   DG -0.78 +/-  0.02
point     12 -     13,   DG -1.12 +/-  0.02
point     13 -     14,   DG -1.43 +/-  0.01
point     14 -     15,   DG -1.49 +/-  0.03
point     15 -     16,   DG -1.32 +/-  0.02
point     16 -     17,   DG -1.03 +/-  0.01
point     17 -     18,   DG -0.70 +/-  0.01
point     18 -     19,   DG -0.39 +/-  0.00
point     19 -     20,   DG -0.12 +/-  0.01

total      0 -     20,   DG -9.09 +/-  0.06

となり、自由エネルギー変化は-9.09 +/- 0.06 kJ/mol ということになります。