Ambertools22のマニュアルより。
以下はDeepLによる訳。
修飾されたアミノ酸やヌクレオチドを調製するのは骨が折れる。複雑なのは、残基は自由に動く分子ではなく、通常は両末端に余分な原子でキャップされる必要があることです。単一コンフォメーションで部分電荷を推定できる「単純な」系では、 前述の prepgen プログラムで「-m」フラグを使用して、 最終的な残基の中にどの原子を残すかを指定します。residuegen は入力ファイルを読み込んで、 一連の antechamber プログラムを適用し、 prepi フォーマットの残基トポロジーを生成するもので、 より複雑な環境では residuetopology の生成を容易にします。このプログラムは、アミノ酸、核酸、その他の高分子のアミノ酸的トポロジーの生成にも適用できます。以下に例を示し、入力ファイルのファイル形式についても説明する。
どうやら
- gaussian計算からRESP電荷を計算する
- 取り除くキャップ原子を指定できる
- 上記を行った上でprep(prepi?)フォーマットの残基トポロジーファイルを出力
ということをやるのがresiduegenっぽいですね。
prepgenよりも複雑なことができるみたい。
使い方はインプットを作成した後、
$ residuegen ala.input
などとします。
で、そのインプット例ですが、
#INPUT_FILE: structure file in ac format, generated from a Gaussian output
INPUT_FILE ala.ac
#CONF_NUM: Number of conformations utilized
CONF_NUM 2
#ESP_FILE: esp file generated from gaussian output with 'espgen'
# for multiple conformations, cat all CONF_NUM esp files onto ESP_FILE
ESP_FILE ala.esp
#SEP_BOND: bonds that separate residue and caps, input in a format of
# (Atom_Name1 Atom_Name2), where Atom_Name1 belongs to residue and
# Atom_Name2 belongs to a cap; must show up no more than two times
SEP_BOND N1 C2
SEP_BOND C5 N2
#NET_CHARGE: net charge of the residue
NET_CHARGE 0
#ATOM_CHARGE: predefined atom charge, input in a format of
# (Atom_Name Partial_Charge); can show up multiple times.
ATOM_CHARGE N1 -0.4175
ATOM_CHARGE H4 0.2719
ATOM_CHARGE C5 0.5973
ATOM_CHARGE O2 -0.5679
#PREP_FILE: prep file name
PREP_FILE: ala.prep
#RESIDUE_FILE_NAME: residue file name in PREP_FILE
RESIDUE_FILE_NAME: ala.res
#RESIDUE_SYMBOL: residue symbol in PREP_FILE
RESIDUE_SYMBOL: ALA
使うためには
- gaussian計算を実行し、esp,acファイルを作成
- inputに各種ファイルやN,C末端の境目、全体の電荷、指定したい原子電荷、アウトプットとなるprepファイル名、残基名を記入
- residuegenを実行
となるわけですね。
（P.S.）
すみませんが、詳しい使い方は解読中です。