タイトルのまんまだが、

Gitにファイルが読み込まれないときはその配下ディレクトリに".git"フォルダがあるかも！

そもそも .gitのディレクトリ配下の、ファイル・ディレクトリを管理することができる。

Project
　┣.git　←(A)
　┣ABC.txt
　┗example_folder
　　　　┣.git　←(B)
　　　　┗XYZ.txt

上記の図だと (A).gitでは、ABC.txtとexmaple_folderディレクトリ自体は管理できる。
exmaple_folderディレクトリ配下のファイルは管理できない。

(B).gitではXYZ.txtを管理できる。

(A).gitでXYZ.txtを管理するときは、②.gitを削除すれば良い。

単純なことだが、苦労した。脳みそ使ってないのかな？
説明適当だけど、わかりますかね？