更新履歴
- "git commit"の コメント(コードをどう変更したかを簡潔に) に""をつけ忘れていたので修正。
- jupyter notebookをJupyterLabに訂正(現在は完全に乗り換えたため)。
これまで使用していたコードをいじる必要が出てきたので、現在のコード開発環境を記しておこうと思う。
あくまで一個人の一例であり、合う合わないはあると思う。
私のスタイルも今後変わる可能性がある。
以下のことについて記そうと思う。
- エディタ(Atom)
- バージョン管理(Git)
- 研究ノート
- ファイル管理
- バックアップ
GitはHomebrewでアップデートも行ったので、その方法も記しておく。
はじめに
前提知識は以下の通りである。
- 使用している言語はC, python
- メインで使っている計算コードはfortranだったものをCに書き換えたもの
- pythonはアウトプットデータの解析に使う
- 図は
jupyter notebookJupyterLabで作っている - コードを書くのはmacOSのノートパソコン
- コードのコンパイルはcentOSの計算機
エディタの話
現在はAtomを使っている。
昔はEmacsを使っていたし、今でもcentOSの計算機上で少しコードをいじりたいときには、ターミナル上でEmacsを動かしている。
バージョン管理の話
Gitを使っている。
インストールはされている前提である。
新しいフォルダの場合、まずは初期化をする。
% cd <コードが置いてあるフォルダ>
% git init
あとは基本的に「ステータスの確認」→「ファイルの追加」→「コメントを付けてコミット」するだけである。
% git status
% git add <追加したいファイル>
% git commit -m "<コメント(コードをどう変更したかを簡潔に)>"
Gitのアップデート
随分としていなかった気がするので、この機会にしてみた。
なお、手探りでやっているのでこの順序が正しいとは思っていない。
% git --version
git version 2.13.0
最新バージョンは2.36.0らしい。
私はHomebrewを使っているので、以下のコマンドを入力。
% brew install git
無事できたみたいなので、バージョンを確認。
% git --version
git version 2.35.1
…最新バージョンになっていない？
Homebrewのアップデート
これを先にしなければいけなかったかも。
% brew --version
Homebrew 3.3.14
% brew update
時間がかかるので放置。
% brew upgrade
これもまた時間がかかるので放置。
% brew --version
Homebrew 3.4.9
Gitのアップデート(再)
% brew upgrade git
終わったらバージョンを確認。
% git --version
git version 2.36.0
Gitのグラフィカルインターフェース
前からgitkを使っている。
% gitk
zsh: command not found: gitk
…あれ？
ということでインストールした。
% brew install git-gui
これで、以下のコマンドでウィンドウが出てきて、コミットや変更箇所が非常にわかりやすく把握できる。
% gitk
研究ノート的なメモの話
紙のノートは無くしそう、検索できない、文字が汚い等の理由で全てノートパソコン上のtxtファイルに記している。
研究テーマごとに"memo.txt"を作っている。
ファイル管理の話
デバックを含めパラメータサーチをたくさんするので、アウトプットファイルは"case1", "case2"のようなフォルダにそれぞれ入れている。
"case100"は超えているので、それぞれで使ったパラメータなどを"memo.txt"にまとめている。
アウトプットデータから作った図のファイル名には"case"のあとの数字を入れるようにして、どのデータを使ったのかわかるようにしている。
例えば"mass_density_50.pdf", "mass_density_50-51-52.pdf"という感じである。
バックアップの話
大きく分けて、日々のバックアップ、ノートパソコン全体のバックアップの2種類に分けている。
日々のバックアップ
Dropboxの無料分(2GB)を使っている。
重要なものだけをピックアップしている。
少し面倒だが、お金がかけられないのでしょうがない。
ノートパソコン全体のバックアップ
HDDで定期的にバックアップを取っている。
1-2週間ごとにケーブルを繋いでTime machineを使ってバックアップを取っている。
D論前はもっと頻繁にバックアップを取っていた。
計算機のバックアップ
良くないと思うが取っていない。
おわりに
ノートパソコンを新しくすると、データは移行できるけど環境はもう一度整えないといけない。
ついでにアップデートもしていると本業の研究がなかなか進まない気がしてくる。
しかし必要な作業なので頑張るしかないのである。