概要
- Proxy環境下(大学・研究機関)で、Ubuntu 20.04 LTSの環境構築をしたのでメモ
1. Proxy設定
- 「設定」の画面から、ネットワークのProxy設定に行く
- httpとhttpsにプロキシのアドレスとポートを入力する
2. curlのProxy設定
curlのProxyも設定しないと色々とエラーが出るので、設定する。
curlのProxy設定
# .bashrcを編集する
vi ~/.bashrc
# .bashrcの一番下に以下を追記
## ex) Proxy Address: xxx.xx.jp
## ex) Port No: 8080
export http_proxy=http://xxx.xx.jp:8080
export https_proxy=http://xxx.xx.jp:8080
3. ディレクトリ名を日本語→英語に変更
ディレクトリ名が日本語だと補完が効きにくく不便なので、英語名に変更した。
ダイアログが表示されるので、「Update Names」を選択する。
再起動すると「日本語に戻す?」的なダイアログが出るので、「Don't ask me this again」にチェックを入れつつ、「Keep Old Names」を選択。
ディレクトリ名を日本語→英語に変更
LANG=C xdg-user-dirs-gtk-update
4. aptのProxy設定
4.1. Proxy設定
aptのProxy設定
vi /etc/apt/apt.conf
# viの画面
## ex) Proxy Address: xxx.xx.jp
## ex) Port No.: 8080
Acquire::http::Proxy "http://xxx.xx.jp:8080";
Acquire::https::Proxy "http://xxx.xx.jp:8080";
4.2. aptの更新
aptの更新
sudo apt update
sudo apt upgrade
5. ドットファイル類編集
.vimrc
set number
.bashrc
# ファイルの一番下に追加
alias "less=less -iNM"
6. Caps-LockをControlとして使う
gnome-tweaksのインストール
sudo apt install gnome-tweaks
gnome-tweaks
を使ってGUI上から設定する
そもそも、なんであんなにCaps-Lockが大きいのか理解に苦しむ
7. Dockerのinstall
# aptからのinstall(簡単)
sudo apt install docker.io
# こっちのほうが最新版が入る(かも)
curl https://get.docker.com | sh
sudo systemctl start docker
sudo systemctl enable docker
sudo usermod -aG docker $USER
8. nvidia-docker
cuda-driversパッケージをinstall
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2004/x86_64/cuda-ubuntu2004.pin
sudo mv cuda-ubuntu2004.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.2.1/local_installers/cuda-repo-ubuntu2004-11-2-local_11.2.1-460.32.03-1_amd64.deb
sudo dpkg -i cuda-repo-ubuntu2004-11-2-local_11.2.1-460.32.03-1_amd64.deb
sudo apt-key add /var/cuda-repo-ubuntu2004-11-2-local/7fa2af80.pub
sudo apt-get update
sudo apt-get --no-install-recommends install cuda-drivers
GPUの認識確認
nvidia-smi
NVIDIA Container Toolkit(nvidia-docker2)をinstall
distribution=$(. /etc/os-release;echo $ID$VERSION_ID)
curl -s -L https://nvidia.github.io/nvidia-docker/gpgkey | sudo apt-key add -
curl -s -L https://nvidia.github.io/nvidia-docker/$distribution/nvidia-docker.list | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/nvidia-docker.list
sudo apt-get update
sudo apt-get --no-install-recommends install nvidia-docker2
sudo systemctl restart docker
9. Nextflowのinstall
Nextflowのinstall
# Java Runtime Environment (JRE) install
sudo apt install default-jre
# Java Development Kit (JDK) install
sudo apt install default-dk
# javaのバージョン確認
java -version
# Nextflowのinstall
curl -s https://get.nextflow.io | bash
sudo mv nextflow /usr/local/bin/
10. 22番ポートのアクセス制限をかいくぐってgithubにアクセスするための設定
プロキシアドレスがhttp://gw.xxx.xxx.xx.jp:8080 の場合↓
.ssh/config
Host github.com
User git
Hostname ssh.github.com
Port 443
IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
UserKeychain yes
ProxyCommand ncat --proxy-type http --proxy gw.xxx.xxx.xx.jp:8080 %h %p
#WSLなど、windowsから使用している場合はこちら↓
#ProxyCommand nc -X connect -x gw.xxx.xxx.xx.jp:8080 %h %p
11. Rstudio server
GPUサーバ上
# Rstudio serverダウンロード & インストール
sudo apt install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-2022.07.1-554-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-2022.07.1-554-amd64.deb
# Server立ち上げ
sudo systemctl start rstudio-server
# Server終了時は以下のコマンド
sudo systemctl stop rstudio-server
12. 踏み台サーバを使った多段ssh設定
12.1. 踏み台サーバに公開鍵登録
# 公開鍵作成
ssh-keygen -t ed25519 -f ~/.ssh/your_sshkey
# 公開鍵登録
# ex) 踏み台サーバのアドレスが172.xx.xx.xxxの場合
ssh-copy-id -i ~/.ssh/your_sshkey your_user_name@172.xx.xx.xxx
12.2. ~/.ssh/config編集
.ssh/config
# 環境によってはUseKeycahinが使えないのでコメントアウトしている
# 必要な箇所を適宜変更すること
Host fumidai_server
User your_user_name
AddKeysToAgent yes
IdentityFile ~/.ssh/your_sshkey
#UseKeychain yes
Hostname 172.xx.xx.xxx
ForwardAgent yes
Host mokuteki_server
User your_user_name
AddKeysToAgent yes
IdentityFile ~/.ssh/your_sshkey
#UseKeychain yes
Hostname your_host_name
ProxyCommand ssh -CW %h:%p fumidai_server
12.3. 接続確認
ssh mokuteki_server