Spring Bootの最新版 Spring Boot 2.5 が本年（2021年）5月21日にリリースされたとのことです。
これに伴い、標題のような警告が出たので、自分の備忘として書いておきます。
症状
Spring Boot のアプリケーションプロパティ（application.properties）に、以下のとおり、データベースに関する記述をしました。
spring.datasource.url=jdbc:mysql://localhost:3306/spring_test
spring.datasource.username=yama3
spring.datasource.password=123456
spring.datasource.driver-class-name=com.mysql.cj.jdbc.Driver
spring.datasource.initialization-mode=always
spring.datasource.schema=classpath:schema.sql
spring.datasource.data=classpath:data.sql
spring.datasource.sql-script-encoding=utf-8
すると、STSの画面上で警告（アラート）が表示されました（4つも！）。
5行目の spring.datasource.initialization-mode に関するアラートを見てみると次のとおりでした。
アラートの1行目を確認します。
Property 'spring.datasource.initialization-mode' is Deprecated: Use `spring.sql.init.enabled` instead.
日本語に訳せば、「プロパティ 'spring.datasource.initialization-mode' は非推奨です。代わりに 'spring.sql.init.enabled' を使用してください。」とのことです。
つまり、spring.sql.init.enabledを使いなさい、ということですね。
なお、現時点では非推奨のアラートが表示されるだけなので、特に修正しなくても動くのは動きます。
＜参考記事＞
・spring.datasource.initialize is deprecated
修正後の記載内容
それぞれのアラートに従って、次のように修正しました。
spring.datasource.url=jdbc:mysql://localhost:3306/spring_test
spring.datasource.username=yama3
spring.datasource.password=123456
spring.datasource.driver-class-name=com.mysql.cj.jdbc.Driver
spring.sql.init.enabled=true
spring.sql.init.schema-locations=classpath:schema.sql
spring.sql.init.data-locations=classpath:data.sql
spring.sql.init.encoding=utf-8
修正内容を一覧にすると、次のとおりです。
|修正前の項目|修正後の項目|備考|
|---|---|---|---|
|spring.datasource.initialization-mode|spring.sql.init.enabled|DBの初期化の要否を設定（true=実行する、false=実行しない）|
|spring.datasource.schema|spring.sql.init.schema-locations|DBの初期スキーマを記述したファイルを指定|
|spring.datasource.data|spring.sql.init.data-locations|DBの初期データを記述したファイルを指定|
|spring.datasource.sql-script-encoding|spring.sql.init.encoding|文字コードを指定|
spring.sql.init.enabled は true（初期化を実行する） または false（初期化を実行しない）で指定します。
デフォルトが true なので、何も記載しなければ true の設定となります。
以上