はじめに

Djangoではデフォルトでユーザーモデルを持っているため、独自で作成する必要なないような気がしますが、ここなどで紹介されている通り、ユーザーモデルは最初からカスタマイズして使用する方が良いようです。
一番シンプルだと思われる独自ユーザーモデルの作成の方法を紹介します。

検証環境

OS：Windows7 Professional
Pythonがすでにインストールされていて、パスが登録されていること。
Macの場合はコマンドなどを少々読み替えてください。ソースコードは同じで問題ありません。

$ python --version
Python 3.6.6

以下のライブラリがインストールされているものとします。

$ pip freeze
Django==2.1.1
pytz==2018.5

プロジェクトとアプリケーションの作成

以下のコマンドでプロジェクトとアプリケーションを作成します。

プロジェクトを作成
$ django-admin.py startproject project

プロジェクトフォルダに移動
$ cd project

アプリケーション作成
$ manage.py startapp user

プロジェクトにアプリケーションを登録

settings.pyに作成したアプリケーションを登録します。

project/settings.py

INSTALLED_APPS = [
    'django.contrib.admin',
    'django.contrib.auth',
    'django.contrib.contenttypes',
    'django.contrib.sessions',
    'django.contrib.messages',
    'django.contrib.staticfiles',
    'user',                           # 追加
]

ユーザーモデルの作成

AbstractBaseUserとPermissionMixinを多重継承したクラスを作成します。多重継承は少々気持ち悪いですが、割り切ります。
AbstractBaseUserはユーザー名やメールアドレスなどのユーザー情報を管理するクラス。
PermissionMixinはスーパーユーザー権限、グループ、パーミッションなどの権限周りを管理するクラス。
権限周りはPermissionMixinに任せてしまって大丈夫ですが、AbstractBaseUserに少々癖があります。

user/models.py

from django.db import models
from django.contrib.auth.models import AbstractBaseUser, PermissionsMixin, UserManager
from django.contrib.auth.validators import UnicodeUsernameValidator
from django.utils.translation import gettext_lazy as _

class User(AbstractBaseUser, PermissionsMixin):
    user_vali = UnicodeUsernameValidator()
    username = models.CharField(_('username'), max_length=150, unique=True, validators=[user_vali])
    email = models.EmailField(_('email address'), unique=True)
    is_staff = models.BooleanField(_('staff status'), default=False)

    objects = UserManager()

    EMAIL_FIELD = 'email'
    USERNAME_FIELD = 'username'
    REQUIRED_FIELDS = ['email']

ユーザー情報にはusername、email、is_staffの3つのフィールドが最低でも必要なようです。
UnicodeUsernameValidatorは正規表現（^[\w.@+-]+$）の一致でチェックをする模様。
createsuperuserを行う場合は、USERNAME_FIELDとREQUIRED_FIELDSに設定されている項目の入力が必要になる。
また管理画面ではUSERNAME_FIELDに設定されいる項目と、パスワードでログインすることになる。
emailでログインするにはこちらを参照。
gettext_lazyは、特定の文字列をローカライズしてくれる。

ユーザーモデルを設定

上記で作成したユーザーモデルをDjangoのユーザーモデルとして設定します。

project/settings.py

AUTH_USER_MODEL = 'user.User'           # 追加

user.models.Userにモデルを配置しますが、user.Userでいいみたいです。

管理画面作成

きれいな管理画面も作成できますが、最低限で。

user/admin.py

from django.contrib import admin
from .models import User

admin.site.register(User)

データベースの作成

ユーザーモデルの登録が終わったので、データベースの作成を行います。

マイグレーションファイル作成
$ manage.py makemigrations
Migrations for 'user':
  user\migrations\0001_initial.py
    - Create model User

マイグレートする
$ manage.py migrate
Operations to perform:
  Apply all migrations: admin, auth, contenttypes, sessions, user
Running migrations:
  Applying contenttypes.0001_initial... OK
　　　　（割愛）

スーパーユーザー作成

以下のコマンドでユーザー情報を作成します。

$ manage.py createsuperuser
Username: admin
Email: admin@example.com
Password:
Password (again):
Superuser created successfully.

ユーザーモデルのUSERNAME_FIELDにusername、REQUIRED_FIELDSにemailを設定しているので、その2項目とパスワードの入力が求められます。

WEBサーバーの起動

WEBサーバーを起動して管理画面からユーザーモデルを確認します。
以下のコマンドでWEBサーバーを起動してください。

$ manage.py runserver

サーバーが起動したらブラウザから「http://127.0.0.1:8000/admin/」にアクセスして管理画面を開きます。

ここまではデフォルトのユーザーモデルとあまり変わりません。画像は日本語にローカライズした状態です。
ユーザーモデルの編集画面は以下のように表示されます。

作成したユーザーモデルの3つのフィールドが一番下に表示されています。それ以外の項目は権限周りの項目なのでPermissionMixinから引き継いだ項目だと思います。（未確認です）
また、作成したユーザーモデルの項目名は「username」「email address」「staff status」の3つですが、それぞれ「ユーザー名」「メールアドレス」「スタッフ権限」と表示されています。これはgettext_lazyがローカライズしてくれています。

デフォルトのUserクラスよりフィールドが少ないですが、必要なフィールドはユーザーモデルに追加していけばここにも反映されます。
既存のフィールドで必要な物がある場合は、AbstractUserクラスのソースコードを参考にするといいかもしれません。（環境によりますが、Windowsでは通常この辺にあると思います。C:\Program Files\Python36\Lib\site-packages\djaogn\contrib\auth\models.py）

Djangoで独自ユーザーモデルを実装する。