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第一原理計算プログラムOctopusのインストール(メモ)

Last updated at Posted at 2018-10-15

はじめに

  • DFT,TDDFTを使った第一原理計算プログラムOctopusをインストールするためのメモです。
  • 基本的には,InstallationManual: Building from scratchのページを参考にしています。
  • コンパイラは,intelコンパイラを使用しています。コンパイラとそのオプションは適宜読み替えてください。1
  • 基本的にファイルは<basedir>にダウンロードするものとします。

最初に,最低限必要なライブラリのインストールをします。

2023/04/11にリンクを修正しましたが、内容やバージョンは確認していないのでご自身で適宜読み替えてください。

BLASのインストール(ver. 3.8.0)

 1. netlibのサイトからダウンロードします。
 2. 展開します。

    tar xvf blas.tgz
    cd BLAS-(version)

 3. 展開したファイルの中のmake.incを編集します。

make.inc
    FORTRAN  = ifort
    OPTS     = -O3
    DRVOPTS  = $(OPTS)
    NOOPT    =
    LOADER   = ifort
    LOADOPTS =

 4. コンパイルします。

    make

 5. コンパイルが終わったら新しくlibというディレクトリを作って,ライブラリをコピーします。

    mkdir <basedir>/lib
    cp blas_LINUX.a <basedir>/lib/libblas.a

LAPACKのインストール(ver. 3.8.0)

 1. netlibのサイトからダウンロードします。

 2. 展開します。

    tar xvf lapack.tgz
    cd lapack-(version)

 3. 展開したファイルの中のmake.inc.examplemake.incにコピーして,編集します。

    cp make.inc.example make.inc
make.inc
    FORTRAN  = ifort
    OPTS     = -O3
    DRVOPTS  = $(OPTS)
    NOOPT    = -O0

    LOADER   = ifort
    LOADOPTS =

 4. ライブラリをビルドします。

    make lib

 5. コンパイルが終わったら,先ほど作ったlibというディレクトリにライブラリをコピーします。

    cp liblapack.a <basedir>/lib/

 ※注意:makeが失敗する場合,INSTALL/second_INT_ETIME.fINSTALL/dsecnd_INT_ETIME.f中のINTRINSIC ETIMEをコメントアウト(行の最初に*をつける)してみてください。

GSLのインストール(ver. 2.5)

 1. GSLの最新版をダウンロードします。

 2. 展開します。

    tar xvf gsl-(version).tar.gz
    cd gsl-(version)

 3. configureスクリプトを実行します。
 (gccコンパイラの場合はオプションが違うようなので注意)

    ./configure CC=icc CFLAGS=-O3 --prefix=<basedir> --disable-shared --enable-static

 4. 成功したらコンパイル,インストールを行います。

    make
    (make check)
    make install

※注意:make checkが失敗するかもしれません。(原因不明)

FFTW3のインストール(ver. 3.3.8)

 1. FFTWの最新版をダウンロードします。

 2. 展開します。

tar xvf fftw-(version).tar.gz
cd fftw-(version)

 3. configureスクリプトを実行します。

    ./configure  --prefix=<basedir> CC=icc CFLAGS=-O3 CXX=icpc F77=ifort F77FLAGS=-O3 --enable-mpi

 4. 成功したらコンパイル,インストールを行います。

    make
    (make check)
    make install

LibXCのインストール(ver. 4.2.3)

 1. LibXCの最新版をダウンロードします。

 2. 展開します。

    tar xvf libxc-(version).tar.gz
    cd libxc-(version)

 3. configureスクリプトを実行します。

    ./configure --prefix=<basedir> CC=icc CFLAGS=-O3 FC=ifort FCFLAGS=-O3

 4. 成功したらコンパイル,インストールを行います。

    make
    (make check)
    make install

次に,Octopusのインストールです。

Octopusのインストール(ver. 12.2)

 1. Octopusの最新版をダウンロードします。

 2. 展開します。

    tar xvf octopus-(version).tar.gz
    cd octopus-(version)

 3. 環境変数を定義します。

    export LIBS_BLAS=<basedir>/lib/libblas.a
    export LIBS_LAPACK=<basedir>/lib/liblapack.a

 4. configureスクリプトを実行します。

    ./configure --prefix=$HOME/octopus CC=mpicc CCFLAGS=-O3 FC=mpifort FCFLAGS=-O3 --enable-mpi --with-gsl-prefix=<basedir> --with-libxc-prefix=<basedir> --with-fftw-prefix=<basedir>

 5. 成功したらコンパイル,インストールを行います。

    make
    (make check もしくは make check-short)
    make install

これでホームのoctopusというディレクトリに実行ファイルができるはずです。
他にも入れるとよいライブラリがあるみたいだけど,今回はとりあえず動くということでスルー。
また,コンパイラのオプションについては良く分からないので他につけるべきものがあれば教えていただきたいです。

  1. FAQによると,全てのライブラリで同じコンパイラを使わないとダメらしい。

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