多分もっとスマートに出来るはずだけど、とりあえず。
- ローカルではなくリモートから
cloneすることで、余計なブランチが出来ないように修正。（2015/1/20）
リポジトリ例
複製元リモート：user@sample.com:group/hoge.git
複製先リモート：user@sample.com:group/hoge-copy.git
複製先ローカル：hoge-copy/.git
手順
1. リモートリポジトリ作成
2. ローカルの複製先ディレクトリに移動
$ cd hoge-copy/
3. 複製元リモートリポジトリから複製
$ git clone --mirror user@sample.com:group/hoge.git .git
4. リモート先を複製先のリモートリポジトリに変更
$ git remote set-url origin user@sample.com:group/hoge-copy.git
5. 複製先のリモートリポジトリに push
$ cd .git
$ git push --mirror user@sample.com:group/hoge-copy.git
6. ローカルに clone
hoge-copy/ ディレクトリを空にしてからいつも通り clone