Cygwinでは、cygstartというLinuxでいうopenコマンドが存在します。また、セットアップファイルには、いくつかのコマンドオプションが用意されていて、引数を渡すと、動作してくれます。(エイリアスとかも設定されているかもしれません
例えば、以下のコマンドは、セットアップファイルからwgetなどをインストールするコマンドになります。
$ cygstart /cygdrive/c/Cygwin/cygwinsetup -q -P wget, curl
ちなみに、cygdriveは、Cygwinの仮想ディレクトリではなく、本来のWindowsドライブにアクセスするポイントになります。
そして、wgetなどが使えるようになると、apt-cygというパッケージ管理スクリプトを使えるようになるので、便利です。
$ wget http://apt-cyg.googlecode.com/svn/trunk/apt-cyg
$ chomd +x apt-cyg
$ mv apt-cyg /usr/bin
ただし、powershellやcmd上から実行する場合は、普通に実行ファイルを指定するだけでOKです。
> C:\Cygwin\cygwinsetup.exe -q -P wget