hugoでは、highlightのオプションがあります。

config.toml

PygmentsCodeFences = true
pygmentsstyle = "monokai"

highlightjsは、以下の形で有効にできます。

index.html

<link rel="stylesheet" href="/bower_components/highlightjs/styles/monokai.css" />
<script src=/bower_components/highlightjs/highlight.pack.min.js></script><link rel=stylesheet href=/bower_components/highlightjs/styles/monokai.css><script>hljs.initHighlightingOnLoad();</script>

しかし、javascriptをdisableにしていると、bodyをはみ出してしまいます。これは、cssで調整できます。具体的には、overflowを使います。

style.css

pre {
    overflow:auto;
}