背景
Lightsail だと nginx があって, ぱぱっと時短で https サーバー建てられそうなので Lightsail でサーバ選んでみた.
Let's Encrypt を apt あたりで入れて certbot だとそのままでは証明書インストールと更新できん... 
原因
Lightsail で nginx など Linux 系選ぶと, Ubuntu ベースの bitonami(AWS が買収した?)なディストリビューションとなり, nginx のサービス設定や起動あたりは systemctl ではなく(バックエンドは systemd つかっているかもであるが) /opt/binami/*** と /opt/bitnami/ctlscript.sh で行うようになっています.
一応 certbot 自体は bitnami の設定を扱えるようですが, nginx(web server)の start と stop はできないため, certbot で証明書インストールや更新しようとしても web サーバーが建てられない(or 他に起動している)となってしまいます.
方法
ありがとうございます.
一旦 /opt/bitnami/ctlscript.sh stop でサービス停めないといけませんでした.
サーバー建てる前に, apt とかではなくて bitnami で certbot のツール入れて webroot で設定しておいて無停止にできるようにしておくとよさそうです!
証明書自動更新する
ありがとうございます.