背景
dcraw で TIFF に変換した RAW 画像とか, CG でレンダーした 16bit, 32bit CG 画像の生のピクセル値の確認とか解析とかしたい.
32bit floating point 画像を表示したい.
jupyter-lab + matplotlib とかで表示するめんどい(display image.tiff みたいにしたい. 一応 ImageMagic(display) 16bit, 32bit TIFF 読めるっぽいがダイナミックレンジが合わず黒つぶれ, 白飛びしてしまうケースがほとんど)
ImageJ 使ってみます.
ImageJ
web サイトしょぼくて開発されているのか不安ですが, 以外とちゃんと開発続いているようです.
医療方面ではよく使われているようです.
UI もしょぼいですが, 慣れればまあ許容できるでしょうか.
Java ですが, JRE(?)同梱っぽいので Linux でもパッケージダウンロードでそのまま使えました.
画像ビューアとして使う
$ ImageJ image.tiff
などとして開けます. Java なので画像データサイズ大きいとロードに時間かかります.
- '+' , '-' キーで拡大縮小できます.
解析する
矩形で画像領域選択し, Analyze -> Measure すると領域内の平均値とかがでます.
shift + ドラッグで複数矩形つくれますが, 矩形選択モードですと Measure では最後の矩形での情報しか表示してくれないようです.
各領域の解析したかったら, 矩形選択 -> Ctrl + M(Measure) を繰り返すしかありません.
multi point
各ピクセルを選択して, Analyze -> Measure でそれぞれの点の情報がでます.
結果は CSV で吐けて便利です
3D plot
Analyze -> Surface Plot... か, Plugin -> 3D -> Interactve plot でいい感じに interactrive プロットしてくれます.
連番画像ビューア
連番も対応していますが, ややファイル名指定方法がめんどいかもです.
読み込んだい連番画像はスライダーで変えて表示できて便利です.
autoreload したいができない
ファイルが変わったら自動リロードとかしてほしいですが, 残念ながら標準ではサポートされていません.
手動で File -> Revert (Ctrl + Shift _ R)するしかありません.
もしくは,
あたりを参考にして自前でスクリプト(Plugin)を書くで対応でしょうか.
その他
たぶんほしい!と思った機能はだいたい実装されているかと思いますので, マニュアルなど確認してみましょう!
Happy image analysis!