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これまたはまったのでメモ。leiningenは大変便利ですが、stdinを扱うような場合に注意が必要です。特に何も考えずにstdinを扱うようなプログラムをlein runするとずっと入力待ちになってしまいます。公式のページのほうにも

There's a problem in the library that Leiningen uses to spawn new processes that blocks access to console input. This means that functions like read-line will not work as expected in most contexts, though the repl task necessarily includes a workaround.

とあるのにしばらくしてから気づきましたorz。解決方法としてはlein trampoline runなどとやればよいようです。プログラム側への変更は特に必要ないっぽい。