papermillでnotebookを実行した時に、こんな感じでnotebookの最後のセルの出力を値として取得できます。
nb = papermill.execute_notebook('index.ipynb', ...)
nb['cells'][-1]['outputs'][0]['text']
使い方
環境
- python: 3.8.3-slim (Docker)
- notebook: 6.0.3
- papermill: 2.1.2
使い方の例
下記のような、fizzbuzzを実行するだけのnotebookを定義してみます。

上記notebookをpapermillで実行するコードを記述します。別途papermillのパラメータ機能を使って引数を定義することで、notebookを引数と返り値を持つひとつの関数のように利用できます。
main.py
import papermill
def notebook_result(path, param):
nb = papermill.execute_notebook(path, '/dev/null', dict(num=param))
return nb['cells'][-1]['outputs'][0]['text']
print(notebook_result('fizzbuzz.ipynb', 15)) #=> fizzbuzz
$ poetry run python main.py
(中略)
fizzbuzz