cp や mv で * (ワイルドカード) を使ってまとめて扱いたいときに、ファイル名がドットから始まるファイルがスルーされてしまいました。スルーされないようにするには下記のコマンドを使います。
shopt -s dotglob
その後はこれまで通り cp や mv を実行すれば効力が発揮されます。
mv /path/to/directory/* /path/to/target/
shopt コマンドとは
shopt コマンドはシェルのオプションを変更することができるコマンドで、-s は後続のオプションをセットするオプション、dotglob はセットするとファイル名展開の際にファイル名がドットから始まるファイルも含むようになるオプションとのことです。
http://ss64.com/bash/shopt.html
下記を参考にしました。ありがとうございます。
http://askubuntu.com/questions/259383/how-can-i-get-mv-or-the-wildcard-to-move-hidden-files