類似する記事はゴロゴロしてますが仮想環境をかましてるお陰でけっこうハマったので備忘に...
詳しい仕組みはこちらがとても参考になります。

環境

MacOS　10.12.6
VirtualBox　6.0.12
Vagrant　2.2.5
PHP　7.1.32
VSCode　1.38.1
PHP Debug　1.13.0

手順

VSCodeにPHP Debugをインストール
Vagrant側のXdebugを設定
- sshでログインし、Xdebugをインストールする
- 自分の場合、 /etc/php.d/15-xdebug.iniに以下を設定

xdebug.default_enable = 1
xdebug.remote_autostart = 1
xdebug.remote_connect_back = 0 // 無効にする
xdebug.remote_enable = 1
xdebug.remote_host = "10.0.2.2" // VagrantのNATアダプタのデフォルトゲートウェイ
xdebug.remote_port = 9000

VSCode側のデバッガの設定
- vscode/launch.jsonは以下のようにした

{
    "version": "0.2.0",
    "configurations": [
        {
            "name": "Listen for XDebug",
            "type": "php",
            "request": "launch",
            "port": 9000,
            "log":true,
            "pathMappings": {
                "/var/www/html/HogeProject": "${workspaceRoot}"  // 左：ゲストOSのパス、右：ホストOSのパス（VSCodeを開いてるプロジェクトルート）を一致させる
            }
        },
        {
            "name": "Launch currently open script",  // こっちは今回関係ない
            "type": "php",
            "request": "launch",
            "program": "${file}",
            "cwd": "${fileDirname}",
            "port": 9000
        }
    ]
}

以上！