「マスクレイヤで切り抜く」を例に説明します。

1.バッチ処理を開き、切り抜きたいファイルを指定

ツールボックスから「マスクレイヤで切り抜く」を選択し、下らへんにある「バッチ処理を実行」を押すとこのウィンドウが出てきます。

この写真では、あるディレクトリの中の全ファイルを追加しています。

2.式による計算...　を開く

いろいろなパラメータを設定した後、一番右の「出力ファイル」の「オートフィル」から「式による計算...」を選択します。

ここで重要なのは、入力文字列をINPUTではなく**@INPUT**と指定することです。
使用可能な文字列にINPUTとあリますが、間違えないようにしてください。
また、存在しないファイル名を指定して実行してもファイルを新しく作成してくれることはないのでそれも注意です。

式ビルダでdocumentationに沿ってファイル名を設定し、「OK」を押すとバッチ処理が実行されます。