結論から言うと、.stignoreは同期されないファイルであるため、Syncthingがそれ自体を直接同期することはない。
そのワークアラウンドの対処法として、.stglobalignoreというファイルを作り、そこに同期したくないファイルのルールを書いておく。
.stglobalignore
.DS_Store
その上で、全ノードの.stignoreにそれをインクルードするルールを書いていく。
.stignore
#include .stglobalignore
このステップは手間だが、これ以上簡単な方法はないと思われる。