stdlib.h が見つからない on Mac OSX10.5

つまらないインストール作業に時間を割いてしまったので、Tipsを共有します。Rのパッケージをインストールする際に、stdlib.hを参照できないエラーが起こる。しかし、このエラーは10.4の時にすぐに解決したはずと思っていましたが、検索すると古い情報が出てきて、新しいMacを利用する人はまたこの穴に落ちる可能性があると思いました。以下では、AnnotationHubというライブラリをインストールする際に必要なインストールステップのログになりますが、このライブラリに限ったことではありません。

• 環境: R version 4.0.2, OSX 10.5

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("AnnotationHub")

--中略--
URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/xfun_0.22.tar.gz' を試しています 
Content type 'application/x-gzip' length 105388 bytes (102 KB)
==================================================
downloaded 102 KB

* installing *source* package ‘xfun’ ...
**  パッケージ ‘xfun’ の解凍および MD5 サムの検証に成功しました 
** using staged installation
** libs
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include   -fPIC  -Wall -g -O2  -c base64.c -o base64.o
base64.c:1:10: fatal error: 'stdlib.h' file not found
# include <stdlib.h>
         ^~~~~~~~~~
1 error generated.
make: *** [base64.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘xfun’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/xfun’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/xfun’

The downloaded source packages are in
	‘/private/var/folders/x6/8wv_jnc97_96rqvqsnfytgp00000gn/T/RtmpIcrQHv/downloaded_packages’
 警告メッセージ: 
 install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, repos = repos,  で: 
  installation of package ‘xfun’ had non-zero exit status

clangが/user/local/includeの中にあるはずのstdlib.hが見つからないと言っています。古い解決法（<10.4）では、OSXのdevtoolsのSDKs header パッケージをインストールする方法です。

xcode-select --install

もしくは、直接ヘッダのパッケージを展開します。

open /Library/Developer/CommandLineTools/Packages/macOS_SDK_headers_for_macOS_10.14.pkg

しかしながら、私の環境の10.5ではこのファイルパスは正しくなく、フォルダの中身をみるとすでにこのpackageを展開している環境になっています。そこで、stdlib.hに直接パスを通してやることにしました。

R console上で

Sys.setenv("CPATH"="/usr/local/include:/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include")

その後再度インストールを再実行 (成功)

BiocManager::install("AnnotationHub")

-- 中略 -- 
193 warnings generated.
clang++ -mmacosx-version-min=10.13 -std=gnu++11 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o xfun.so base64.o init.o -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
ld: warning: object file (base64.o) was built for newer macOS version (10.15) than being linked (10.13)
ld: warning: object file (init.o) was built for newer macOS version (10.15) than being linked (10.13)
installing to /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/00LOCK-xfun/00new/xfun/libs
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** checking absolute paths in shared objects and dynamic libraries
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (xfun)

The downloaded source packages are in
	‘/private/var/folders/x6/8wv_jnc97_96rqvqsnfytgp00000gn/T/RtmpgcCKBM/downloaded_packages’